Sekolah ini didirikan pada tahun 1985 atas dasar aspirasi dan semangat kebersamaan masyarakat nelayan Kalibaru, yang tergabung dalam sebuah organisasi bernama Yayasan Al-Ittihadiyah Himpunan Nelayan Kalibaru. Dari semangat tersebut, lahirlah lembaga pendidikan Madrasah Tsanawiyah (MTs) Al-Ittihadiyah.

Seiring perkembangan waktu, pada tahun 1997, lembaga ini mengalami transformasi menjadi Sekolah Menengah Pertama (SMP) Terpadu Menara Cendikia, yang berlokasi di Jalan Kalibaru Barat VI No. 48, Kalibaru, Cilincing, Jakarta Utara.

Berlokasi di kawasan padat penduduk dengan kondisi sosial ekonomi menengah ke bawah, wilayah ini pada awal tahun 2000 sempat dikategorikan sebagai kawasan kumuh dan miskin. SMP Terpadu Menara Cendikia berdiri di atas lahan seluas 490 meter persegi, dengan status kepemilikan tanah berada di bawah naungan Yayasan Menara Indonesia.

Dari segi fisik, bangunan sekolah tergolong kokoh dan telah dilengkapi dengan ruang kelas yang cukup memadai, meskipun pemeliharaan sarana dan prasarana masih belum optimal. Saat ini, tenaga pendidik dan kependidikan di SMP Terpadu Menara Cendikia terdiri dari 15 orang guru honorer, yang memiliki latar belakang pendidikan yang beragam.